Lo primero, decir que tu idea es bastante interesante, felicidades por querer llevarla a cabo, se antoja realmente fascinante.
La aldea a la que vayas no tiene restricciones de ningún tipo, sólo ve y únete a la que más te guste.
Lo de las técnias, es como ha dicho Kurogane antes, ser sin clan no te impide estar negado de cara a un repertorio de técnicas, pues aparte de las de clan, están las generales y las propias de la aldea, sin contar, con que cada vez que subes un nivel, puedes elaborar una técnica propia. Si bien es cierto que al principio un sin clan tiene menos técnicas para elegir, bien usado no debe suponerte problema alguno, además, que cuando vayas creando tus propias técnicas no deberías notar esa ausencia de clan.
Lo positivo de no tener clan, aparte de los 6 puntos para gastar en méritos por tomar el defecto ''sin clan'' es el no tener que estar ligado a ningún tipo de clan y por lo tanto, poder hacer un personaje más único y distinto. Además la exclusividad de que no hay muchos sin clan

Consejo, que lleves el personaje al máximo porque la idea me parece curiosa y llamativa, lee bien méritos y defectos para coger los que más le pegen al tipo de personaje que tienes en mente crear, que lo desarrolles y que espero que finalmente salga un personaje interesante.
Lo mismo, si tienes alguna duda, el tag de abajo o mp para cualquier cosa.